区别在于：

1、缴费基数不同。灵活就业人员参加医疗保险的缴费基数一般为当地上年度在岗职工年平均工资60%；职工参加医保的缴费基数为职工月工资总额。

2、参保对象不同。灵活就业人员的参保对象为未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员及其他灵活就业人员；就业年龄范围内无雇工的个体工商户等；职工医疗保险的参保对象为城镇在职职工及单位退休职工。

3、缴费的方式不同。灵活就业人员医保由灵活就业人员自已按一定的基数和比例全额缴纳，可以选择按月缴纳，也可以选择按年缴纳；职工医疗保险由单位和职工共同缴纳，一般情况下是按月缴纳。

4、缴费比例不同。灵活就业人员缴费比例，有两种可供选择。根据各地标准，比如按照沈阳标准，可以选择10%的比例，也可以选择6.8%的比例。职工医疗保险缴费比例是单位缴纳6%左右，职工个人缴纳2%左右（各省市的灵活就业人员医疗保险缴费比例政策有所差异）。5、基金账户划分方式不同。灵活就业人员医保，以沈阳为例，选择按10%比例缴纳的，可以设立个人账户，每月有基金划入个人账户；按6.8%缴纳的，则不设个人账户，没有基金划入；职工医疗保险有个人账户，职工个人缴纳的基本医疗保险费，全部计入个人帐户。用人单位缴纳的基本医疗保险费分为两部分，一部分用于建立统筹基金，一部分划入个人帐户。