1、投资者条件不同：创新层规定，在开放买卖管理权限前20个交易日，投资者每日账户财产不少于100万，精选层已改为北京证交所，个人投资者准入条件为开放买卖前20个交易日平均证券财产50万，具有2年以上证券投资阅历；

2、买卖标准不同：创新层选择集合竞价方式，精选层选择连续竞价交易；

3、价格涨跌约束不同：精选层持续竞价股票涨跌约束占比为30％，创新层股票涨跌约束比率为50％，上涨约束比率为100％；

4、信息披露不同：精选层公司的公告规定比创新层要苛刻些。创新层只需公布年报和中报。

创新层是指依据新三板分层规章制度的相关要求，新三板上市的全国股权转让制度分为创新层和基础层，不同标准的上市公司纳入创新层或基础层管理。