在《甲铁城的卡巴内瑞》中，并没有明确揭示是谁在控制卡巴内瑞。但是，从剧情中可以推测，卡巴内瑞是由卡巴内咬伤后的人类转化而成的，他们具有卡巴内的无敌身体素质和心脏，同时还保留了人类的独立思考能力。因此，可以认为卡巴内瑞是由他们自己控制的，而不是由外部力量控制的。
此外，剧中也提到了显金驿的领导者四川家总领坚将曾经被卡巴内咬伤并变成了卡巴内瑞，这也进一步说明了卡巴内瑞是由被咬伤的人类转化而来的，而不是由其他人或组织控制的。
总之，在《甲铁城的卡巴内瑞》中，卡巴内瑞是由被咬伤后的人类转化而来的，并且由他们自己控制。
在《甲铁城的卡巴内瑞》的结尾，是美马救了男主。美马在关键时刻出现，帮助男主脱离了危险。这部动画讲述了一个以蒸汽机技术发达的岛国“日之本”为背景的故事，剧中角色们乘坐铁甲城与怪物卡巴内进行战斗。
截至当前时间，我暂未了解到“甲铁城”第三季的大结局内容。通常，动画、漫画或电视剧的大结局是剧情发展的关键部分，需要您亲自观看或阅读以获取完整体验和感受。
我建议您通过合法渠道查找并观看该作品，以了解其精彩的结局。