初中和高中教师资格证书的笔试部分在科目上确实存在一些差异。首先，两个等级的《综合素质》考试大纲是相同的，都考察新课程改革相关的知识和阅读、写作能力等。然而，科目二的名称和内容会有所不同。根据提供的信息，初中教师资格考试的科目二是“教育知识与能力”，而高中教师资格考试的科目二是“学科知识与教学能力”。

接下来，让我们看看科目三的情况。初中教师资格考试的科目三是“学科知识与教学能力（初中）”，而高中教师资格考试的科目三是“学科知识与教学能力（高中）”。这两个科目的内容和考试范围是不同的，以适应各自的教育学和教学需求。

综上所述，初中和高中教师资格证书的笔试在科目一中是一样的，而在科目二和科目三上有显著的区别。这些差异反映了不同的教育阶段对教师专业知识的要求。