在黄雀在后小树的结局中，作者讲述了黄雀不但没有飞离小树，反而越来越喜欢小树，享受着在小树上的各种快乐，包括觅食、唱歌和玩耍。尽管其他小伙伴们已经离去，黄雀仍然坚定地留在小树上，独自享受幸福。这个结局传递了一种“不要随波逐流，要坚定自我”的强烈信息，鼓励人们在生活中保持独立自主，追求自己的快乐，并坚持自己的信念。
《黄雀在后!》的大结局中，凶手是肖亚珍。
在剧情中，故事围绕十年前夏夜一起抢劫杀人案展开。警方起初认为杀害关秀英的人是与之有情人关系并被关秀英敲诈一百万的财政局领导，但随着案件进展的不断深入，警官袁文山（冯绍峰饰）发现，真正的凶手是为了掩盖儿子犯罪的离婚母亲——肖亚珍。剧情环环相扣、反转不断，最终揭示了肖亚珍是凶手。