清洗鱼缸底部干净的方法如下：
完全清洗 。将鱼移到临时容器中，排空鱼缸中的水，并清除底部的废弃物、残留饲料等，用清水冲洗鱼缸内壁及装饰物，清洗过滤系统，最后逐渐加入鱼缸水，将鱼移回鱼缸。
部分清洗 。使用鱼缸吸尘器或水泵等工具，吸取底部的废物和残留物，保持鱼缸清洁。
定期吸走沉淀物 。建议一周至少一次。
使用生态滤池 。生态滤池运行时会产生氧气泡，并形成水流动态，将底部的沉淀物悬浮到水表面，等待被吸入滤材中，同时也可以使水流更加活跃，避免底部水质积素状况。
鱼缸里面有细菌是属于比较正常的情况，如果没有威胁到鱼生长，通常不需要处理，如果影响鱼生长，可以按照下列方式处理：细菌们在24-28度之间是可以很好的生长和繁殖的。如果水比较冷，一个加热棒就可以解决了。一般100升的缸有个100瓦到150瓦的加热棒就很合适了。如果水比较热，那么就比较麻烦了，需要冷却它。
清洗鱼缸水循环管需要先关闭进水阀门和出水阀门，取出循环管，使用刷子轻轻刷洗管壁和管口，再用清水冲洗干净。
如果循环管里有鱼粪、水草泥等杂质，可以使用清洁剂进行清洗，但要注意不要使用过于刺激性的清洁剂。
最后，将循环管重新安装到鱼缸水循环系统中，检查进水和出水阀门是否关闭严密，重新启动水循环系统即可。