梅干菜一般采用泰国芥菜或洛川芥菜。泰国芥菜叶厚、肉质厚实，能够承受长时间腌制而不易烂掉；而洛川芥菜则因其香气浓郁、肉质爽脆，口感更佳。此外，这两种芥菜对于腌制制作梅干菜的风味和口感影响都很好，可以带来清香、爽口、酸甜的口感和独特风味。因此，使用泰国芥菜或洛川芥菜都是比较理想的选择。
梅干菜一般使用日本芥菜或中国芥菜。日本芥菜性质温和，味道甘鲜，叶子厚实，具有较好的韧性和耐冷性，适合生长在冷凉的气候环境中；而中国芥菜性质较为烈性，味道稍苦辣，具有较好的适应性和抗病能力。
在制作梅干菜时，一般会选择嫩绿、肥厚、肉质脆嫩的芥菜叶子，经过加盐、压缩、晾干等工序后制成。不同种类的芥菜制作出来的梅干菜口感和味道差异较大，因此在选购和制作时需要根据自己的口感偏好进行选择。
梅干菜通常使用江左芥菜或者药材芥菜进行制作。江左芥菜又称京芥菜，产于浙江、江苏、上海等地，味道较为清香，口感较为脆嫩。
药材芥菜则是指生长在山区，被采用制作中药和调料的芥菜品种，口感略带苦涩，但营养价值较高。在制作梅干菜的过程中，应选择外观完整、新鲜的芥菜进行加工，使梅干菜口感更佳，风味更加浓郁。